Duterte mengeluarkan kebijakan tersebut seusai menerima laporan pelanggaran hak asasi manusia.
Pada Jumat, Duterte meminta perusahaan penerbangan Philippine Airlines dan Cebu Pacific menyediakan layanan penerbangan bagi warga Filipina ingin meninggalkan Kuwait.
Sebelumnya, satu mayat pekerja asal Filipina ditemukan di lemari es di rumah susun kosong.
"Kami menerima kabar bahwa hingga pada Jumat ini, lebih dari 2.200 warga Filipina ingin pulang," kata Bello kepada Reuters, dengan menambahkan bahwa beberapa di antara mereka habis visanya dan meminta pengampunan.
Dua perusahaan menyediakan sejumlah penerbangan gratis, dan Bello mengatakan bahwa hampir 500 orang akan segera tiba di Filipina.
Filipina sempat menghentikan ekspor tenaga kerja ke Kuwait sejak Januari lalu setelah muncul beberapa laporan pelanggaran hak asasi manusia oleh para pemakai jasa mereka, sehingga memicu sejumlah aksi bunuh diri.
Duterte pada Jumat mengatakan bahwa kebijakan penghentian itu akan terus diberlakukan tanpa batas waktu.
Sementara itu, Wakil Menteri Luar Negeri Kuwait, Khaled al-Jarallah, mengaku "terkejut dan sedih" atas pernyataan Duterte pada Januari lalu. Dia mengatakan bahwa proses pengadilan telah berjalanan bagi empat kasus bunuh diri yang disebutkan